现代保赔保障协会的结构远比最初的船壳互保协会的结构要复杂得多，但是，它们通过联营获取最经济的保障、由入会船东经营控制等许多特征，还是最基本的。今天的保赔保障协会主要都是按照下面的方式组织的：
＊董 事：
保赔协会的会员由船东和承租人组成，每一个会员在年度会员大会上制定政策时都有发言权，这非常象公司里的股东。现代的保赔保障协会都是由数目非常多的会员组成的，会员们作为一个整体，只好将协会的行政管理交给从会员中选举出来的董事会。在规模较大的协会中，会员都是国际性的，从沿海运输的小船东到国际性的大经营者。董事会主要由直接代表着协会会员数量的船东组成。董事会负责阐述协会的保险条款，制定协会的财务计划，决定协会提供保险的范围和程度。他们将不时地决定调整协会的保障范围，以保证使会员随着他们所面临的世界范围内的风险的不断变化和增长而得到充分的保障。在保险的某些方面，董事会被赋予了根据索赔产生的情况而拒绝或接受它们的决断权。因此，董事会时常代表协会的会员执行准司法的角色。大多数主要协会的董事会都是按季度召开的。
＊管理人：
协会董事会的成员，自身忙于船舶的经营管理工作，不能够全身心地投入到协会的日常事务中来。他们把日常工作委派给专业的管理人员去做。在英国以外经营的一些较大的协会，管理人本身又把相当大的一部分日常管理工作交给他们在伦敦的代表去做，这些代表人与伦敦的保险市场和其他的海事机构有着紧密的联系。管理人和他们的代表负责协会日常的承保、索赔的处理、按照董事会制定的政策而进行的资金的管理。他们也负责监督协会提供的纯保险以外的服务，而这些服务在当今协会的功能中是非常重要的一部分。
在管理人和他们的代表的指导下，有一批专业的承保人、分析家、律师和损失理算员，他们代表协会在处理保赔保障的索赔中提供范围非常广泛的专家意见和专门技术。
